建立了以董事会为核心的组织架构。美国制造业创新中心基本全以董事会作为创新中心高层决策机关，负责领导、管理和监督创新中心的研究开发与商业经营。董事会成员来自大学、企业、国家实验室以及联邦机构、州和地方政府，覆盖政产学研4个方面。

多层级的会员架构。美国制造业创新中心独创了一种分层结构的会员资格，其一般分为一般会员、高级会员、资源成员、联盟成员4类。企业根据企业规模、实力和需求申请对应类别的会员加入创新中心，享受加入创新中心董事会、提名技术委员会委员等不同的权益。

深度参与的技术专家委员会。美国制造业创新中心的技术专家委员会成员一般由两部分构成，除行业顶尖专家外，会员企业也会推荐成员进入技术专家委员会，他们的加入对中心的创新和运营起到重要作用。比如，3D打印创新中心的技术专家委员会主席就由为其会员的Raytheon公司人员担任，该主席保证每年在创新中心全职工作半年时间，为创新中心技术路线执行、修正把关。

中小企业会员积极参与创新中心建设。美国制造业创新中心的会员中虽然也有波音、洛克希德、微软等大型企业加入，但其会员大部分还是中小企业，这些中小企业构成了美国技术创新和转化的主体，成为了“产学研政”组成的创新生态系统中不可或缺的一部分。中小企业作为产业界的核心代表，积极参与制造业创新中心的运营和建设，甚至部分美国制造业创新中心在董事会中也为中小企业保留一定席位。